Die Talgemeinde war zuständig für Aussenbeziehungen mit den unmittelbaren Nachbarn, wie Menzingen, Baar und der Stadt und dem Amt Zug, aber auch mit Schwyz oder der Stadt Zürich, für den Zoll und für die innere und äussere Sicherheit. Sie entschied in militärischen Angelegenheiten sowie in kirchlichen und schulischen Fragen.

Die Gemeinden Ober- und Unterägeri regelten die örtlichen Aufgaben, wie Nutzung des Allmendlandes, der Wälder sowie des Sees und der Bäche, den Unterhalt der Wege und Strassen und an ihren Gemeindeversammlungen entschieden sie auch über die Aufnahme von neuen Bürgern.

Die Pfarreirechte hatte ursprünglich das Kloster Einsiedeln inne. Diese Rechte kaufte die Talgemeinde Ägeri im 17. Jahrhundert ab und entledigte sich so der Zehnt- bzw. der Steuerpflicht nach Einsiedeln. Die Ägerer wählten jetzt auch ihren Pfarrer selber. In Oberägeri stand die Pfarrkirche, in Unterägeri und Hauptsee Kapellen.

Auf Grund der damaligen Einwohnerverhältnisse – Oberägeri hatte etwa 800 Einwohner und Unterägeri etwa 600 – unterlagen die Unterägerer bei strittigen Abstimmungen und Wahlen an der versammelten Talgemeinde häufig, zum Beispiel bei Pfarrerwahlen. Die Schule fand in Oberägeri statt. Es gab keine Schulpfrund, das heisst keine Stelle für einen Priester und Lehrer, in Unterägeri, aber deren zwei in Oberägeri. Unterägeri fühlte sich als Teil der Talgemeinde Ägeri vor allem in kirchlichen und schulischen Fragen immer weniger verstanden.

Im Umfeld des zweimal nicht gewählten Pfarrerkandidaten aus Unterägeri, Dr. Bernhard Fliegauf, und der beiden Politiker, dem Ratsherr und Gemeindeschreiber Sigmund Heinrich und dem Ammann Kaspar Euster, entstand deshalb gegen des 17. Jahrhunderts die Idee, die kirchlichen Geschicke durch die Gemeinde Unterägeri selber an die Hand zu nehmen.

Der gut ausgebildete Theologe Fliegauf hatte sich als Pfarrer und Dekan in Kirchberg im Toggenburg ein stattliches Vermögen erarbeitet. Häufig war er in Unterägeri zu Besuch. Der Plan, sich eine eigene Pfarrei Unterägeri zu schaffen, nahm konkret Formen an. Fliegauf kannte das Kirchenrecht. Er war auch bereit, grosse Teile seines Vermögens einzusetzen. Beim Bistum in Konstanz argumentierte Unterägeri für eine eigene Pfarrei mit allzu weiten Wegen bis zur Pfarrkirche, mit religiöser und schulischer Vernachlässigung, da kein Kaplan in Unterägeri wohne, und mit der gewachsenen Einwohnerzahl.

Nach intensiven Verhandlungen gab im Januar 1714 das Bistum Konstanz grünes Licht, aber nur unter Bedingungen. Es musste eine eigene, neue Pfarrkirche mit Friedhof, sowie ein Pfarrhaus gebaut werden und genügend Kapital vorhanden sein, um einen Pfarrer bezahlen zu können.

Es ging also um viel Geld. Pfarrer Fliegauf stellte umfangreiche Mittel zur Verfügung, ebenso Sigmund Heinrich. Auch die Unterägerer leisteten ihren Beitrag durch Frondienste beim Bau des Pfarrhauses und der Pfarrkirche.

Endlich, im Sommer 1725 entschied sich Pfarrer Dr. Bernhard Fliegauf, bereits 68-jährig, „seine“ Pfarrei Unterägeri selber zu übernehmen.

Die Gemeinde Unterägeri war jetzt auch für eine funktionierende selbstständige Pfarrei mit allen Rechten und Pflichten verantwortlich.

Die Seelsorgearbeit von Pfarrer Fliegauf war volksnah, seine Predigten – Hunderte sind als Manuskript erhalten – zeugen von einer anschaulichen Gläubigkeit und einer bedingungslosen Verehrung der Gottesmutter Maria. Es gelang ihm in kurzer Zeit, dem kirchlichen Jahreslauf in Unterägeri ein eigenes Gesicht zu geben. So feiert die Pfarrei beispielsweise heute noch das Fest des Theodor, dessen Gebeine er 1732 erwerben half.

Fliegauf setzte sich für Verbesserungen im Schulwesen ein und forderte eine Stelle für einen Frühmesser- und Schulherr. 1739 war das notwendige Kapital beisammen. Allerdings, die Dorfschule litt weiterhin unter zahlreichen Wechseln und Vakanzen.

Fliegaufs Nachfolger, die Pfarrherren Johann Peter Zürcher von 1743 bis 1783 und Jakob Josef Iten von 1783 bis 1811, mussten schmerzlich erfahren, dass sich die religiösen Vorzeichen unter dem Einfluss der säkularen Aufklärung geändert hatten und auch die finanziellen Rücklagen für ihr Einkommen allzu spärlich waren.

Grosse Hoffnungen setzte Unterägeri 1812 in den jungen Pfarrer Johann Baptist Schwerzmann, der in den Hungerjahren 1816 und 1817 unermüdlich für die Hungernden, Kranken und Sterbenden im Einsatz war, aber selber an Typhus erkrankte und 1818, erst 34-jährig, starb.

Die Vorboten der Industrialisierung, die dank den Spinnereifabriken auch Unterägeri erreichten, widerspiegelten sich in der umstrittenen Pfarrwahl von 1818. Die Bevölkerung war zweigeteilt. Hier die Anhänger einer «modernen Zeit», vor allem reiche Bauern, Wirte, Müller, Viehhändler und Fabrikbesitzer mit ihren Angestellten und dort die Anhänger des Hergebrachten, die Kleinbauern, die Handwerker mit ihren Gesellen und die Tagelöhner, die sich meist mit Heimarbeit, wie Spinnen und Weben, knapp finanziell über Wasser halten konnten. Eine knappe Mehrheit der letzteren wählte den Zuger Blasius Uttinger, Sohn eines Schreinermeisters, zum Pfarrer. Der bisherige Vikar Kaspar Josef Trinkler, Schwager des Wirts, Bauern, Viehhändlers und späteren Spinnereigründers Meinrad Henggeler, unterlag.

Uttinger setzte sich für das Bewährte und die traditionelle Familie ein. Die Zeit arbeitete gegen ihn.

1830 lebten in Unterägeri 1200 Person, bis 1860, in nur dreissig Jahren, verdoppelte sich die Einwohnerzahl. Der erbitterte und jahrzehntelange Streit zwischen Pfarrer und Kaplan war ein Abbild der beiden etwa gleichstarken politischen Lager im Dorf: Hier die bäuerlich-konservativen Kreise, dort die fortschrittlich-liberalen, die auf die Unterstützung eines Grossteils ihrer lohnabhängigen Arbeiterschaft ohne Grund und Boden zählen konnte. Die Liberal-Fortschrittlichen setzten sich tatkräftige, auch finanziell, für öffentliche Aufgaben ein, so für den Bau des Schulhauses und später für den Bau der neuen Pfarrkirche ein. Sie forderten dafür längere Arbeitszeiten und weniger Feiertage. Vom aussichtlosen Kampf zermürbt 1855 verliess Pfarrer Uttinger Unterägeri.

Der gebildete Pfarrer Alois Staub, ein aufgeklärter Geist und zugleich gläubiger Katholik, bemühte sich, die Spaltung zwischen dem liberalen und dem konservativen Lager in seiner Pfarrei zu kitten. Pfarrer Staub war ein Mann des Wortes und weniger der volkstümlichen Formensprache. Er nahm sich der Krankenseelsorge an. Mit grossem Einsatz förderte er das Bildungswesen, nicht nur in der Gemeinde, sondern auch als Erziehungsrat im Kanton. Er beteiligte sich als Mitbegründer der Gemeinnützigen Gesellschaft des Kantons Zug aktiv an deren Fortbestand. Im Alter von 77 Jahren liess er sich als erster Pfarrer ins Amt des Kirchenpräsidenten wählen und führte den Rat bis zu seinem Ableben 1910.

Pfarrer Alois Staub prägte das religiöse Geschehen in der Pfarrei, während 54 Jahren. Er hielt sich aber in politischen Fragen diskret zurück.

Sein Nachfolger wurde der volkstümliche Pfarrer Johann Knüsel von Risch, ein aktiver Vertreter der konservativen Partei. Er strebte nach einer Volkskirche mit Gemüt und Pathos. Die Marienverehrung erlebte durch ihn einen neuen Aufschwung. Die Pfarrkirche wurde durch Statuen belebt. Nach mehr als 50 Jahren Unterbruch organisierte er wieder Volksmissionskampagnen. Gesang und Musik belebten verstärkt seine Gottesdienste. Zahlreiche katholische Vereine wurden unter seiner Leitung gegründet. Er trat 1940 nach 30 Amtsjahren zurück.

Sein Pfarrhelfer, Ernst Trost, wurde sein Nachfolger, der mit grossem Eifer und kirchlichem Gehorsam die Pfarrei führte.

Die öffnenden Impulse des Zweiten Vatikanischen Konzils versuchte er, aufzunehmen und umzusetzen. Pfarrer Robert Andermatt war ein Mann des Volkes. Er führte den Pfarreirat ein und förderte die kirchliche Jugendarbeit. Seine treuesten Helferinnen aber waren die Frauen der Frauengemeinschaft.

Besondere Verdienste erwarb er sich als umtriebiger Bauherr zunächst bei der langwierigen Restauration der Pfarrkirche in den frühen 1960er Jahren, später bei der Restaurierung der Marienkirche in den 1970er Jahren sowie schliesslich beim Bau des Pfarrheims Sonnenhof, das von seinem Nachfolger 1984 eingeweiht werden konnte.

1982 zog sich Pfarrer Andermatt zurück und wechselte auf die Kaplanei Hauptsee. Er blieb weiterhin mit der Unterägerer Pfarreibevölkerung eng verbunden und es sind nicht wenige, die bei ihm einen Rat holten.

Die allgemeine Entwicklung der Gesellschaft machte auch vor der Kirche nicht Halt. Ein sich stetig beschleunigender Aufbruch wie Umbruch geprägte die Zeit. Viele Traditionen blieben auf der Strecke.

Pfarrer Simon Zihlmann nahm sich vor allem der Ökumene an. Die Suche nach neuen Glaubensformen wird wohl nie abgeschlossen sein.

Vor der Gründung der Pfarrei Unterägeri 1714 war die Gemeinde Unterägeri Teil der Talpfarrei Ägeri.

Von 1714 bis 1874 waren die Gemeindebehörden von Unterägeri für die weltlichen und finanziellen Belange des Pfarreilebens zuständig. Die Bürger von Unterägeri wählten an der Gemeindeversammlung jeweils ihren Pfarrer.

1874 schuf die Kantonsverfassung die selbständigen Kirchgemeinden. Seither bilden die in Unterägeri wohnhaften Schweizer Katholiken die katholische Kirchgemeinde Unterägeri. Sie wählen den Kirchenrat, den Kirchenpräsidenten und die übrigen Behördenmitglieder sowie den Pfarrer.

Am 23. Juni 2009 beschlossen die Unterägerer Katholiken, auch niedergelassenen, katholischen Ausländern das Stimm- und Wahlrecht in der Kirchgemeinde zu gewähren.