Um 1480 wird eine Allerheiligenkapelle genannt, die von der Muttergemeinde und der Pfarrgemeinde Oberägeris personell und finanziell Abhängigkeit zeigt. Gemeint ist mit dieser Allerheiligenkapelle die heutige Marienkirche.

Ein umsichtig und modern orientierter Oberägerer Kaplan beantragte und forcierte im Jahre 1498 eine Erweiterung der “unschönigen” und “afigs verwitterigten” Kapelle zu Wilen. Ein kompletter Neubau, versehen mit drei Altären wurde im Jahre 1511 zu Ehren Mariens vom Weihbischof Brennwald von Konstanz geweiht.

Ganz “bauwlos” sei die Wiler Kapelle, bemängelte Kirchmeier Andreas Iten 1709 an der Herbstversammlung der unteren Gemeinde. Man müsse sich schämen, da doch “vill Volckh auff Einsiedlen” reise und auf dem Weg dorthin die Kapelle passiere. Er habe aber gehört, dass der aus Wylägeri stammende Dr. Bernhard Fliegauf ( 1656 - 1743 ) nun Pfarrer im Toggenburg, seinem Heimatort eine neue Kapelle spenden wolle.

Die untere Gemeinde schickte im Mai 1710 zwei Abgeordnete, den Gemeindeschreiber Sigmund Heinrich und dessen Schwager Niklaus Iten zu Dr. Fliegauf. Dieser eröffnete den Gesandten zu deren grenzenlosen Ueberraschung, er sei bereit, nicht nur eine neue Kapelle, sondern auch eine neue Pfarrei zu finanzieren und die Handwerker für den Bau des Pfarrhauses zu entlöhnen und mit Mundgaben und Tranksame zu verköstigen.

Diese Angelegenheit ging aber nicht ohne Stolpersteine und schon gar nicht so schnell und zügig voran, wie sich die Dorfobrigkeiten vom unteren Seeende sich dies erhofft haben. Die eigentliche Pfarreigründung zog sich in die Länge.

Erst 1714 genehmigte der Bischof die Errichtung einer eigenen Pfarrei Unterägeri.

Die Bauarbeiten für das Pfarrhaus wurden alsbald aufgenommen. Schon im September 1714 war das stattliche Haus unter dem First, vollendet aber erst 1725, als Fliegauf endlich die von ihm gestiftete Pfarrei übernahm.

Nach Ostern 1717 begannen die Unterägerer mit dem Neubau der Marienkirche. Ende August 1718 war sie unter Dach.